# ChemoSim 1.0 — 公開前の確認記録

確認日：2026-09-23。公開範囲は変更せず、本人のみの非公開設定を維持。

## 今回の変更

- 特定論文の自動適合を廃止。起動・リセット時は未校正の探索用設定。
- 同一実験条件内の複数CheY-P濃度をまとめて適合。CW biasのみの入力では切替速度を固定し、両状態の平均滞在時間がある場合に限って速度を推定。
- 菌株、温度、負荷、測定法、適応状態、CheY-Pの実測／推定／仮定、出典を記録。異なる条件は別適合としてセッション履歴に保存。
- fit／validateの区別、残差表、境界到達の表示、条件付き適合のCSV出力。
- Mears 2014は任意に読み込む例に限定。人工データ例は実験的検証と明確に区別。
- 校正表の不要な毎フレーム更新を抑制。上流の積分刻み制約にCheY自然脱リン酸化速度と修飾フィードバック速度を追加。
- 空欄入力の一部がゼロに変換される問題、参照濃度応答の画面とCSVの条件差、古いモデル番号・文献適合の説明を修正。
- 英語の初期メタデータ、主要ラベルの文字サイズ、フォーカス表示を改善。

## 実施した確認と範囲

| 項目 | 確認内容 |
|---|---|
| 総量保存・非負性 | CheA-long／CheY／CheB、欠損条件・濃度変化・忌避刺激で検証 |
| 定常化 | 初期残差・無刺激変動の許容値10⁻⁸、刻み半減での一致 |
| 指標 | 人工波形でt90、半回復時間、有限観測窓の適応精度を検証 |
| モーター確率モデル | 800反復の過渡平均、18万motor-secondsの定常bias・平均滞在時間、平均ソルバー刻み半減 |
| 一般化した適合 | 既知の人工パラメーター回収、未使用検証点の除外、biasだけでは速度を変更しないこと、不整合値と不正入力の拒否 |
| 既存機能 | DOMハーネスで初期化、英日切替、プリセット、リセット、適合履歴、入力固定、100反復・25セル探索、SVG構成・結果無効化 |
| 配布ファイル | JavaScript構文、静的アセット参照、差分整合性 |

テスト：`test-upstream.cjs`、`test-motor-model.cjs`、`test-general-fit.cjs`、`test-research.cjs`。

## 公開時に明示する制約

1. **条件付きモデルであり、普遍的な野生型の定量予測器ではない。** 複数文献を平均した定数は採用していない。温度・負荷は条件記録であり、その依存則を計算する機能ではない。
2. **適合と検証を区別する。** 数値的なパラメーター回収は実験的妥当性を示さない。未使用点も、データ由来が独立でなければ独立検証ではない。濃度の測定誤差・パラメーター信頼区間は未推定。
3. **上流は未校正の速度を含む。** 文献参照曲線は正規化初期応答の再構成。絶対CheY-P濃度・適応時間の同時校正ではない。CheZ複合体、モーター結合による遊離CheY-Pの枯渇は明示的に計算しない。
4. **モーター入力は0.2秒区間の一定値近似。** 高時間分解能の過渡応答を実験と比較するには入力刻みの追加検討が必要。滞在時間分布やモーター間相関は未検証。
5. **CG・束形成・軌跡は模式表現。** 回転速度、推進速度、フィラメント力学を実測値として解釈しない。
6. **実ブラウザーの表示・操作は未検証。** この静的サイトには利用可能な管理プレビューがなく、DOMテストは描画確認を代替しない。Safari／Chromeのレイアウト、スマートフォン、PNGの実ダウンロード、拡大表示は公開前の残確認。
7. **公開範囲は未変更。** この確認は一般公開への切替を意味しない。再配布ライセンス・著者／問い合わせ先・引用方法の最終決定も別途必要。

結論：実装上の数値検証と回帰確認は実施。探索・教育用途の条件付きモデルとしての説明を整備した。実ブラウザー確認と独立実験データによる評価は未完了であり、「全面的に検証済み」とは表示しない。